3:1
叙述的场景从圣殿转移到私下，这是本福音的第一个对话. 尼苛德摩是犹太公议会中法利赛党人之一，他的名字在耶稣时代的巴勒斯坦地区很少见.据考证，在公元前330年到公元200年间被称为尼苛德摩的人——只有4个人——都属于某个Gurion(戈里安)家族。显然，他们是从耶路撒冷来的富裕家庭，被委托在节日期间向朝圣者供水
他名字的意思是“人民的征服者”. 他是家族的第一个尼苛德摩， 一个将军，享有这样的荣誉并因着他的服侍而接受产业吗？ 然而，并不是所有的圣经学者都相信尼苛德摩是这个家族的一员。
有个“法利赛党人”名叫尼苛德摩，是“犹太人的首领” “夜”访耶稣 (看1:5）. “夜”通常与不信及误解联系在一起（若9:4；11:10；13:30；21:3）. 他很难理解耶稣的教导，耶稣谈论的是属灵的，超自然的东西，而尼苛德摩却倾向于用世俗的，自然的事物来思考。耶稣试图带领尼苛德摩划到深处，提升他的自然思维进入灵性层次。 然而，尼苛德摩问说：“这怎么能呢？”
这段对话耶稣所要带给我们的教导是新而永久的生命，这是天主赐给我们的圣洁礼物，远超过我们的天赋能力。
尼苛德摩在福音中还会出现2次：(1) 在若7:50–52中为耶稣辩护 和19:39耶稣死后为他敷抹（19:39）
3:2
“我们知道”-
他是一个人来见耶稣还是和一群人来呢？或者，也许这里的“我们”表达的是他在团体中的权威。“拉比”和“老师”用这两个头衔称呼耶稣都是指出耶稣是人民的精神领袖的形象。由天主而来”指出了耶稣的起源（13:3; 16:30)。显然，尼苛德摩和他所代表的人们，对耶稣知道的很多，但是他对自己所听到的一切毫无准备。
3:3
实实在在”- 指严重的事情即将发生。
天主的国(出15:18;咏 103:19)。神的王权在地上显明出来，被人们所接受并服从 - 首先是被祂的子民，以色列人，和其他国家皈依犹太信仰的人民。 在对观福音中“天国”是耶稣宣讲的核心讯息（谷1:15）。但在若望福音中“天主的国”只出现过两次(3:3, 5)。 因为对若望来说，天主在世界的统治是在耶稣身上显现出来，耶稣本身就是天主的国。
根据《塔木德》，皈依者“自己背起了天国的轭”和“变成一个新生儿”（参考谷10:15；路18:17；玛18:3）。 也许，这就是为什么那么难进天国的原因（谷10:24）。 对于一个有成年经历的人想要回到孩童时期的纯真是多么困难啊。而且，从异教徒皈依犹太教可视为重生，可是这话对一个生来就是真正的以色列人怎么能适用呢？
在达尼尔先知书中，我们有关于天国来临的预言（达2:44；7:14,27）。对于一个像尼苛德摩那样受过教育的犹太人来说，看见天主的国意味着参与到未来的时代 – 复活的生命。
在福音中“天主的国”和“永生”是可以互换的（比较谷9:43,45的‘进入生命’和9:47的‘进入天国’）。‘从上而生’或者‘新生’- 这两个意思都包括在希腊的形容词“ἀνωθεν”中。 它的意思表示从天主而生（若1:13），你现在在此就能经验到。
3:4
人们普遍认为尼苛德摩误解了耶稣的意思因此他问：“这怎么能呢？”但是，也许，也有可能用耶稣所说的一个老人不能第二次进入他母亲的子宫来挑战耶稣。如果他是从外邦皈依的，他能理解耶稣的话。 如果他读过序言1:13，他也许也能明白耶稣的意思，然而，当时一切对他来说都很难理解。
3:5
耶稣的声明的背景可以连接到厄则克尔先知（则36:25–27和37：9）。在厄则克尔先知书36:24–28，先知说到一个新心和新的精神。然后，他谈到了一个新民族的复活（枯骨复生）(则 37)和新圣殿的建造(则 40–48)。又见则11:16–20;耶31:31–34。厄则克尔的应许指的是国家的复兴，但它也可以理解为适用于个人。在厄则克尔36:25，用清水洗净被引用为使人皈依的洗礼的圣经权威。
“水” -
在若望福音中有洁净的意象(9:7; 13:5) ，同时也有维持生命的的意象(6:35; 7:37–38). 神”是“赐予生命”的神（6:63）和净化的神（玛3:11）。若望通过福音发展了水和圣神的象征性联系（4:10, 13–14; 7:37–39).
洗者若翰呼吁他的听众，真正的以色列人，那些 进入悔改和信仰的以色列遗民，这些是他“为主预备好”的人，从他手中接受他的洗礼。但是，他指出他只是用水施洗，但是在他以后要来的那位要用圣神施洗. 若翰的使命和耶稣都是实现先知的许诺。现在，耶稣敦促尼苛德摩接受这个丰富的应许 – 由“水和圣神”重生
圣史是在当基督的追随者实施具有深刻转变意义的圣洗时写作的（罗6:3–4）. 因此，重生是藉着圣洗，由圣神的能力和行动而完成的。如果天国就是耶稣自己，进入天国就是分享耶稣神性生命（John 3:36; Mt 19:17; Mk 9:43,45)。因着洗礼，我们藉着圣神重生，进入与耶稣和父的共融（2 Peter 1:4).
3:6
这是耶稣给尼苛德摩和世界的信息的核心.通过自然出生，人们成为地上家庭的成员。通过信仰和洗礼，人们成为天主家庭的成员——天主的子女(参考罗8:14–17)。这种属天的新生命是天主的恩赐，而不是物质的降下或人类的选择(1:12–13)。
因此，我们有两次“出生”- 一次是血肉的出生，另一次是属灵的.对若望来说，“血肉”指的是肉体及它的限度以及这些限度的后果。圣言成了血肉来把我们从肉身的有限国度带进祂自己神性的国度。
3:7
“你必须由上而生”.
没有其他可以进入天国的道路.因此，教会总是宣讲基督徒受洗获得救恩的必要性.殉道者圣犹斯定（公元100–165年）- 谈论关于自然和灵性的出生：
"我们 -
是由于父母的结合，按照必然的法则，在无知的情况下第一次诞生，带着恶习，陋行来到世界。 但是为了使我们不做生于强迫与无知的子女，而要作生于自由选择与自知的子女，又为了使我们藉着水洗获得以往所犯罪过的赦免，凡愿重生而痛改前非者，我们为他呼求万有之父，及主天主之名。。。
这种洗礼也称为光照，因为凡接受这知识者，心灵就接受光照.那受到光照者受洗时，因那在比拉多执政时被钉于十字架的耶稣基督之名，以及因圣神之名受洗，圣神曾藉先知们预言一切有关耶稣的事。（第一护教书61号）
3:8
在希伯来语中，“ruah”和希腊语“pneuma”根据上下文可能被翻译为“气息”、“风”或“精神”。 这里， ’pneuma’这个词被用了两次，但是一次翻译成“风”，另一次翻译成“圣神”。正如风的来去不能由人的力量或智慧所控制，圣神内重生也不受人的意志所支配。圣神在人心中的工作是隐藏的，无法被控制和看见的，但它的效果却总是显而易见的。
3:9–10
尼苛德摩仍然无法领会耶稣的话是什么意思. 他是以色列的老师，可能传授梅瑟的法律以及辅导以色列信仰慕道者，但是他不能理解耶稣的解释。然而，所有这些在旧约中都是显明的。
诺厄和他的家人安全经历洪水，在一个新的世界开始新的生活（创6:13–9:19）；(Ex 14:15–15:21), 带领以色列子民过红海成为天主子民（出14:15–15:21）；叙利亚的纳阿缦在约旦接受“洗礼”，“他的肌肉就复了原，如同婴儿的肌肉一样，完全洁净”(列下5:14) - 这些和其他段落都是耶稣向尼苛德摩传达真理的比喻。纳阿曼的故事尤其是被认为是皈依者洗礼的先例。
显然，尼苛德摩无法理解经典(路24:45)，也无法理解这条基督信息的含义，即以色列人和外邦人都需要救赎，而只有圣言的救主——耶稣基督才能提供这种救赎。
3:11
从这节经文开始，对话变成了耶稣的独白，然后独白变成了圣史关于重生的感想。但是，独白从哪里进入圣史的感想，还不太清楚——可能是在3:15之后。耶稣的“我们”有两种解释。有些人把它看作是权威的“我们”——所谓的“尊威的复数”，甚至是三位一体奥秘的启示。
另一些人认为“我们”包括祂的门徒。耶稣和后来门徒关于祂的信息，不是道听途说的信息，而是基于个人经验和见证的信息（若一1：3）。
三重作证：1 耶稣自己的作证（3:32）, 2 经典作证（5:39）和 3 门徒作证（15:27）。
但无论用什么形式作证，无论是在祂公开生活的时候，是在他门徒服事的时候，常常有人拒绝祂的见证。
3:12
与“天上的事”相对立的“地上的事”是什么呢?这很难回答(参看智9:16–17)。这“地上的事”可以指耶稣带到世界的 – 比如祂关于由水和圣神重生的教导。“天上的事”可能指天主的救恩在基督身上的实现（希5:11–6:3）。
3:13
没有人上过天，除了那自天降下【而仍在天上】的人子。在第13节末尾的一句，‘仍在天上’，在我们最古老的若望福音手抄本中是没有的(p66和75)，但在许多其他手抄本中却有。
如果这句话出现在福音的原文中，我们就能理解抄写员或编辑者为何省略掉，因为人子说这话的时候不在天上，而是在地上 。另一方面，也可能是抄写员加上它，因为当福音书写完的时候，甚至更后他抄写经文时，人子已在天上。
箴言30:4的问题在耶稣的陈述中找到了问题。唯有道成为肉身的天主圣言，才有权柄说“地上和天上的事”。唯有祂知道自己所说的是什么 – 这也是为什么相信祂是如此之重要（若1:18；14：6）。
3:14–15
这里耶稣指户21:5–9。那些被毒蛇咬过的人，在看完这条铜蛇后痊愈，他们会有什么感觉呢?这个故事可以作为一个接受属神生活的比喻。修饰人子的动词“举起”在希腊语是 “ὑψοω”.
字面意思是在空中被举起，但是也指在光荣中被举扬（宗2:33）。在这部福音中，耶稣是通过被钉十字架而受光荣（8：28；12：23,32,34）
这暗示依53:13（七十贤士译本）。在那里，上主说祂的仆人必要被“举扬”- 用同样的希腊动词 -“且极受崇奉”。耶稣通过圣母玛利亚降在地上，又通过十字架再次高举。因此，我们也可以把十字架看作是通向父的梯子（1:51）。
还有一件事需要说。铜蛇没有治愈的功效。当被咬的以色列人相信天主通过梅瑟对他们所说的话并服从他的命令时，是天主的救恩医治了他们。后来他们的子孙把铜蛇当偶像崇拜时，希则克雅王就把它打碎(列下18:4)。另一方面，在被高举在十字架上的人子身上，有无限的治愈功效，远超出我们的想象。以色列人的身体疾病的治愈，只是必死生命的延长，但人子给的是保证那些信祂的人得永生(参考1:12–13)。这就是对尼苛德摩问题“这怎么能呢？”的答复。
通过基督的救赎工程，藉着接受信仰，我们经历重生，进入天主的国。这是福音中第一次出现经常重复的“永生”一词。这主要是指未来的世代，复活的生命。在若望福音中， 永生就是天主的生命 ，它存在于永恒的圣言中（‘在祂内有生命’）并由祂传递给所有的信徒。信徒在基督内预先享受这生命，因为他们和那位从死者中复活者结合在一起。因此，这句不仅指生命的数量（生活到永远）也指生命的质量，永生就是在永恒的圣言 – 耶稣基督内。
“必须”-
神性必须。为了完成天主的救恩计划，人子必须受苦。第15节中的“在祂内”可能是“得永生”，而不是“相信”。希腊是“ἐν αὐτῶ”,而“εἰς αὐτὸν”指的是相信时经常使用“在祂内”(cf 3:16)。NIV(新国际圣经译本）若3:15翻译成 – “使凡信祂的人，在祂内得永生”
在这第15节，耶稣和尼苛德摩的对话可能就结束了。第16–21节是圣史对这个对话的感想。
3:16
如果有一句话可以概括第四部福音的讯息，那么这句就是。天主的爱是无限的，拥抱全人类。天主把最好的给出， 祂给出了 – 祂的唯一子，祂的至爱。 救恩和生命的福音都源于天主的爱。天主竟“这样”爱了我们，天主的爱在祂内，藉着把祂赐给世界而完全展现出来
“丧亡”(参考8:24)-
是“永生”或“得救”(3:17)之外的选择。但是，天主不希望任何人丧亡(伯后3:9)。 “信仰”应该是我们对这个信息的回应。我们因信耶稣而得到救恩的礼物。信德是屈服于圣神的行动，圣神首先促使一个人接受天主的启示，并将自己的一生托付给天主。
3:17
这里用的希腊词，可以表示“审判或定罪”。这是福音七次出现“子”中第一次没有任何限定的出现(参考3:17,36;5:19;40;36;14:13；17: 1)。这里的陈述与12:47(参考伯后3:9)一致，但似乎与9:39相矛盾。我们必须通过上下文来理解这两种情况下要表达的意思
也许下一节可以帮助我们理解“审判/定罪”一词的意思。信或不信圣子的决定直接与永生或审判联系在一起。一个人要么接受关于耶稣的作证，要么拒绝这个作证，继续处在定罪和罪的黑暗中
3:18
审判是背离基督所体现的真理的必然结果（14:6)。贬低基督或认为基督不值得他效忠的人，是对自己而不是对基督作出判断。他不需要等到审判的日子;对他的判决已经宣布了。确实会有最后的审判 (5:26–29)，但那一天将是证实已经通过的审判。
“对耶稣的信仰”是出离罪的黑暗的道路，让这个世界得以存留。那些相信天主子之名的人成为天主的子女;对于那些不相信的人，除了自己产生的判断之外别无选择。
3:19
审判的实质是以光明和黑暗的形式呈现的。这节经文解释了序言的陈述(1:4–5)。这个世界的黑暗，表现在它的自爱和自私中，它拒绝天主。基督是照亮黑暗的真光，是降到世上要照亮每一个人的光。但是比起光明，世人却更爱黑暗。
这句话是否揭示了在耶稣的工程和写福音的当时，在那里仍然只有少数人接受福音？或者它是一个揭示人性问题的一般性陈述？我们是否都需要像保禄在大马士革的经历——被光打瞎——才能来就光明？
3:20
没有了光明，黑暗就有了安全感。但是光揭露了在黑暗中所做的一切，天主圣言的进入世界正是这样。天主圣言揭露了我们罪恶的生活方式。这在创世纪 4:1–16中已经很明显了，正如在圣经中告诉我们的第一次谋杀，讯息很清楚 -“你们不可杀人”(出20:13;参考若一3:12)。在圣史的感想中，光的来临必然把那些欢迎它的人从那些因为害怕它会显露他们真实面目而躲避它的人中分离出来(创3:8–9)。
来就光明或憎恶光明’ 不是简单一个理智问题，它还有道德的层面。问题就在于此。
圣奥斯定(St. Augustine)说过，人们“喜欢真理，因为它散发出光芒，但讨厌它让人觉得自己错了。
若望揭露了我们不愿脱离邪恶的道路，进入真理之光，这是我们对邪恶行为的依恋的结果。我们犹豫是否接受真理，因为这意味着我们必须放弃所有这些罪恶的行为。
3:21
作者喜欢使用对比词:善与恶、爱与恨、生与死、救恩与审判、光明与黑暗、真理与说谎。 “履行真理的”与作恶的人对立。在旧约里，“履行真理”意味着“忠实正直”(参考创 32:10;47:29;厄下9：33)。那些生活和行为正直的人没有理由躲避光，相反，真光是他们的奖赏。
恶人的行为反映出他是谁，履行真理者的行为反映出天主是谁。目的,用“为”(ἱνα)表示, 要显示出他的行为是“在天主内完成的”。
有人会问:那些从来没有机会相信基督的人呢?他们从来没有被光照过？在每一种文化和每一代人中，天主的光在不同程度上是可以被人们获得的。所有的善与真光都来自完美的善与完美的光 - 天主本身。
当完美的光照耀在他们身上时，那些接受部分光的人会欣然接受它。那些拒绝光明的人，无论它以何种方式照耀着他们，他们对自己判断